براساس ماده 6 قانون تأسیس سازمان نظام مهندسی کشاورزی و منابع طبیعی جمهوری اسلامی ایران، شورای مرکزی به عنوان بالاترین مرجع تصمیم گیری سازمان متشکل از پانزده نفر اعضای انتخابی و انتصابی به شرح زیر است:

-1 دو نفر نماینده وزارت جهاد کشاورزی با معرفی وزیر جهاد کشاورزی.

-2 یک نفر با معرفی وزیر علوم، تحقیقات و فنآّوری از اعضای هیأت علمی دانشکده های کشاورزی به عنوان نماینده ایشان

-3 یک نفر متخصص آبیاری با معرفی وزیر نیرو به عنوان نماینده ایشان.

-4 یک نفر متخصص کشاورزی با معرفی رییس سازمان حفاظت محیط زیست به عنوان نماینده ایشان.

-5 ده نفر از متخصصین کشاورزی صاحب نظر در رشته های مختلف علوم کشاورزی و منابع طبیعی به انتخاب اکثریت آرای مجمع نمایندگان شوراهای استانی به عنوان اعضای اصلی و چهار نفر به عنوان اعضای علی البدل.

تبصره 1- شورای مرکزی برای اولین بار از نمایندگان بندهای 1 تا 4 ماده 6 قانون تأسیس سازمان و نمایندگان انتخابی شورای استانها) هر استان دو نماینده) در تهران تشکیل می شود تا نسبت به انجام امور مشروحه در قانون تأسیس ظرف مدت شش ماه اقدام کند.

تبصره 2- معرفی اعضای انتصابی باید ظرف مدت دو ماه پس از لازم الاجرا شدن قانون صورت بگیرد.

تبصره 3- شورای مرکزی در اولین جلسه خود نسبت به انتخاب رییس و نواب رییس و دبیر شورا اقدام می نماید.

تبصره 4- دوره فعالیت شورای مرکزی چهار سال است و انتخاب مجدد اعضاء برای دوره های بعدی مجاز است .

شورای استان

براساس ماده 7 قانون تأسیس سازمان نظام مهندسی کشاورزی و منابع طبیعی جمهوری اسلامی ایران، شورای استانی متشکل از 11 نفر اعضای انتخابی و انتصابی به شرح زیر است:

1- دو نفر نماینده از سازمان جهاد کشاورزی استان با معرفی رییس سازمان جهاد کشاورزی استان.

2- مدیرکل حفاظت محیط زیست استان یا نماینده تام الاختیار ایشان.

3- یک نفر از اعضای هیأت علمی دانشکده کشاورزی یا منابع طبیعی مرکز استان وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فنآّوری به پیشنهاد وزیر علوم، تحقیقات و فنآوری

4- هفت نفر از متخصصین رشته های مختلف کشاورزی و منابع طبیعی به انتخاب اکثریت آرای مجمع عمومی استان به عنوان عضو اصلی و دو نفر به عنوان عضو علی البدل.

تبصره 1- شورای استان برای اولین بار متشکل از رؤسا یا نمایندگان سازمانهای بندهای 1 تا 3 همین ماده در مرکز همان استان تشکیل خواهد شد تا نسبت به نحوه برگزاری و اجرای بند 4 همین ماده حداکثر ظرف مدت چهار ماه اقدام کند.

تبصره 2- شورای استان حداکثر ظرف مدت دو هفته پس از انتخاب، یک نفر را به عنوان رییس شورای استان، یک نفر را برای نایب رییس شورای استان، یک نفر را برای خزانه داری و یک نفر را جهت دبیری شورا از بین خود انتخاب می کند.

تبصره 3- وزیر جهاد کشاورزی با پیشنهاد شورای استان حکم رییس شورای استان را صادر می کند.

تبصره 4- وزارت جهاد کشاورزی موظف است جهت راه اندازی سازمان نظام مهندسی کشاورزی و منابع طبیعی حداکثر بعد از سه ماه از تصویب این قانون نسبت به تشکیل اولین جلسه شورای استان از طریق سازمان جهاد کشاورزی استانها اقدام نماید.

تبصره 5- مجمع عمومی استان از تجمع حداقل سی نفر عضو تشکیل می شود.

براساس ماده 7 قانون تأسیس سازمان نظام مهندسی کشاورزی و منابع طبیعی جمهوری اسلامی ایران، مجمع عمومی استان از اجتماع اعضای آن تشکیل می شود و کلیه اشخاص حقیقی که طبق ضوابط مصوب به عضویت سازمان پذیرفته می شوند. با شرایط مساوی عضویت مجمع عمومی را دارا بوده و در جلسات دارای حق رأی و مشارکت در تصمیم گیریها می باشند.

تبصره – جلسات مجمع با حضور نصف به علاوه یک اعضاء رسمیت می یابد و تصمیمات متخذه با اکثریت عده حاضر معتبر می باشد.